30  富集弦图

30.1 什么是富集弦图？

富集弦图：分别展示出每个Term富集到哪些基因以及这些基因的上下调情况。

左侧为差异基因，颜色变化表示logFC从小到大的变化，红色为上调，蓝色为下调；右侧为富集结果的Term，两者相连表示基因富集到该Term中。

富集弦图一般显示3-10个通路较为合适，太多通路，会导致太过密集，反而看不清。

本文我们就来讨论一下富集弦图是如何绘制的。

30.1.1 绘图前的数据准备

需要2个文件

30.1.2 每个通路对应哪些基因

包含2列数据，第1列为通路名称，第2列为每个通路对应的基因，基因之间用”,“或”, “或”|“分隔开。

demo数据可以在https://www.bioladder.cn/shiny/zyp/bioladder2/model/bioladder1/GOplot/demoData1.txt下载。

30.1.3 每个基因对应的logFC（可选）

第一列为基因名称，第二列为logFC。注意基因要和第一个文件对应。

demo数据可以在https://www.bioladder.cn/shiny/zyp/bioladder2/model/bioladder1/GOplot/demoData2.txt下载。

30.1.4 R语言怎么画富集弦图

# 转载所需要的包
library(tidyverse)    # 用于数据处理
library(GOplot)       # 用于绘图  安装方式 devtools::install_github("wencke/wencke.github.io")
library(RColorBrewer) # 颜色

# 读取数据
dfTerm =  read.delim("https://www.bioladder.cn/shiny/zyp/bioladder2/model/bioladder1/GOplot/demoData1.txt")
dfFC =  read.delim("https://www.bioladder.cn/shiny/zyp/bioladder2/model/bioladder1/GOplot/demoData2.txt")


# 整理数据
dfClean = dfTerm %>% 
  separate_rows(Genes,sep = ",") %>%
  left_join(dfFC,by=c("Genes"="Gene"))

dfPlot = chord_dat(data.frame(dfClean),  process=unique(dfClean$Term))

# 绘图
GOChord(dfPlot,
        title="GOChord plot",      # 标题名称
        space = 0.02,              # 基因方格之间的空隙
        gene.order = "logFC",      #  基因的排序方式，可以按照"logFC", "alphabetical", "none", 
        gene.space = 0.25,         # 基因标签离图案的距离
        gene.size = 5,             # 基因标签的大小
        lfc.col=c('firebrick3', 'white','royalblue3'), # logFC图例的颜色
        ribbon.col=brewer.pal(ncol(dfPlot)-1, "Set2"),   # 条带颜色设置
        process.label = 8          # 图例标签的大小
)

30.1.5 BioLadder生信云平台在线绘制富集弦图

不想写代码？可以用BioLadder生信云平台在线绘制富集弦图。

网址：

富集弦图-BioLadder生物信息在线分析可视化云平台​www.bioladder.cn/web/#/chart/28