R语言如何绘制散点密度图

什么是散点密度图

散点密度图是在散点图的基础上，计算了每个散点周围分布了多少其他的点，并通过颜色表现出来。

当数据很多的时候，散点图上的点就会存在很多重叠，这时候比较难以看出其分布特征，需要一个辅助的指标来了解密集程度，通常用颜色图例来标识密集程度。

绘图前的数据准备

数据包含2列，需要有列名。第一列是x轴坐标，第二列是y轴坐标。

demo数据可以从这下载：https://www.r2omics.cn/res/demodata/pointDensity.txt

# A tibble: 5,257 x 2
       x     y
   <dbl> <dbl>
 1  3.95 -0.81
 2  3.89  1.05
 3  2.88 -0.58
 4  3.4   0.06
 5  3.71 -0.01
 6  3.84 -0.45
 7  2.7  -0.13
 8  4.14  0.79
 9  3.93  0.4 
10  3.58  0.49
# i 5,247 more rows

R语言如何绘制散点密度图

# 代码来源：https://www.r2omics.cn/
library(ggpointdensity)
library(ggplot2)

# 读文件
df = read.delim("https://www.r2omics.cn/res/demodata/pointDensity.txt")

# 绘图
ggplot(df,aes(x=df[,1],
              y=df[,2])
)+
  geom_pointdensity(adjust = 4)+                              # adjust：设置neighbors范围
  theme_bw()+ 
  labs(x="x轴名称",y="y轴名称")+
  scale_color_distiller(palette = "Spectral", direction = -1) # 设置连续型颜色