R语言如何绘制抖动散点图

抖动散点图采用随机抖动的方法，将数据点沿着其x轴坐标随机移动一定距离，以避免数据点之间的重叠。由于抖动的强度是随机的，因此不同的数据集可能会产生不同的效果。

本教程我们还会在图上添加误差线和显著性标记。

什么是抖动散点图？

绘图前的数据准备

demo数据可以在https://www.r2omics.cn/res/demodata/beeswarm.txt下载。

第一列为名称列，其他列为数据列。

如果是转录组蛋白组等生物学数据，则每一列代表一个样本，每一行代表一个基因。

# A tibble: 200 x 5
   id        A     B     C     D
   <chr> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl>
 1 ID1    7.29  7.29  7.29  7.29
 2 ID2    8.90  8.90  8.90  8.90
 3 ID3    5.56  5.56  5.56  5.56
 4 ID4    6.21  6.21  6.21  6.21
 5 ID5    2.75  2.75  2.75  2.75
 6 ID6    4.67  4.67  4.67  4.67
 7 ID7    5.14  5.14  5.14  5.14
 8 ID8    5.45  5.45  5.45  5.45
 9 ID9    8.47  8.47  8.47  8.47
10 ID10   6.70  6.70  6.70  6.70
# i 190 more rows

R语言如何绘制抖动散点图

# 代码来源：https://www.r2omics.cn/
# 加载R包，没有安装请先安装  install.packages("包名") 
library(tidyverse)
library(ggsignif)

# 读取数据文件
df = read.delim("https://www.r2omics.cn/res/demodata/boxplot.txt"# 这里读取了网络上的demo数据，将此处换成你自己电脑里的文件
)[1:100,]

# 把数据转换成ggplot常用的类型（长数据）
df = df %>%
  pivot_longer(-1,names_to = "variable",values_to = "value")

# 绘图
ggplot(df,aes(x=variable,y=value))+
  geom_jitter(aes(color=variable),width = 0.3,height = 0)+  # 抖动散点图，width = 0.3,height = 0只左右抖动，不上下抖动
  stat_summary(geom = 'pointrange',      # 加中间那个点(平均值)
               color='#0886CC',
               fun = mean
  )+
  stat_summary(geom = 'errorbar',        # 加上下误差线，(平均值加减标准差)
               color='#0886CC',cex=1,width=0.15,
               fun = mean,
               fun.max = function(x) mean(x) + sd(x),
               fun.min = function(x) mean(x) - sd(x)
  )+
  theme_bw()+         
  geom_signif(                          # 添加显著性标签
    comparisons=list(c("Sample1","Sample2"),c("Sample3","Sample4")), # 选择你想在哪2组上添加标签
    step_increase = 0.1,
    test="t.test",                      # "t 检验，比较两组（参数）" = "t.test","Wilcoxon 符号秩检验，比较两组（非参数）" = "wilcox.test"
    test.args = list("var.equal" = T),  # 等方差    
    map_signif_level=F                  # 标签样式F为数字，T为*号
  )