R语言绘制百分比柱形图

什么是百分比柱形图？

如图所示，它们分别是簇状柱形图、堆积柱形图、百分比柱形图。

顾名思义，

簇状柱形图，每组的数据，每个单独成柱，但是都簇集到一块儿；

堆积柱形图，是每组的数据都堆叠在同一个柱子上；

百分比柱形图，是在堆积柱形图的基础上，按照比例分布的。

绘图前的数据准备

demo数据可以在https://www.r2omics.cn/res/demodata/groupBar.txt下载。

包含2个维度的数据。每一行是一簇柱子，每一列用不同的颜色图例区分。(当然也可以反过来)

X	sample2	sample1	sample3
gene1	60	100	80
gene3	80	70	80
gene2	90	90	95
gene4	75	60	80

R语言绘制百分比柱形图

# 代码来源：https://www.r2omics.cn/
# 加载R包，没有安装请先安装  install.packages("包名") 
library(tidyverse)

# 读取簇状、堆积、填充柱形图数据文件
df= read.delim("https://www.r2omics.cn/res/demodata/groupBar.txt") # 这里读取了网络上的demo数据，将此处换成你自己电脑里的文件

# 把数据转换成ggplot常用的类型（长数据）,并计算百分比，为了标记文本标签
df = df %>%
  pivot_longer(-1,names_to = "Sample",values_to = "Value") %>%
  group_by(X) %>%
  mutate(percent = Value/sum(Value,na.rm = T)) %>%    # 根据分组计算百分比
  mutate(percent = paste0(round(percent*100,2),"%"))  # 将小数转化为百分数

# 绘图
ggplot(df, aes(x=factor(X,levels =unique(X)),  # 转化为因子，目的是显示顺序与文件顺序相同，否则按照字母顺序排序
               y=Value, 
               fill=factor(Sample,levels = unique(Sample)), 
               ))+
 geom_bar(              # 绘制柱形图，核心是position="fill"
    position="fill",
    stat="identity",
    color = "black"
  )+
  # 文字标签
  geom_text(aes(label=percent),                           # 添加文本标记，改变映射也可以标价原数字
            position = position_fill(vjust = 0.5),        # 标记位置
            color="white",
            size=3)+
    scale_y_continuous(labels = scales::percent_format())+  # 改变Y轴的本文样式
    labs(
      x="",   # 调整x轴名称
      y="",   # 调整y轴名称
      fill="" # 调整图例名称
    )+
  scale_fill_brewer(palette = "Set2")+ # 配色方案
  theme_bw()