R语言如何绘制蜂群图

什么是蜂群图？

蜂群图（beeswarm plot）是一种可视化离散数据分布的图形。它沿着 X 轴类别标签中心线向两侧，同时逐步向上均匀而对称的展开，避免了数据点之间的重叠，使得数据的密度和分布更容易观察和理解。

与抖动散点图相比的区别

抖动散点图采用随机抖动的方法，将数据点沿着其x轴坐标随机移动一定距离，以避免数据点之间的重叠。由于抖动的强度是随机的，因此不同的数据集可能会产生不同的效果。

与抖动散点图相比，蜂群图是紧密不重叠的，方便读者观察数据的分布规律，但需要设计者进行适当的布局设计，使图形更加美观和易读。

绘图前的数据准备

demo数据可以在https://www.r2omics.cn/res/demodata/beeswarm.txt下载。

第一列为名称列，其他列为数据列。

如果是转录组蛋白组等生物学数据，则每一列代表一个样本，每一行代表一个基因。

# A tibble: 200 x 5
   id        A     B     C     D
   <chr> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl>
 1 ID1    7.29  7.29  7.29  7.29
 2 ID2    8.90  8.90  8.90  8.90
 3 ID3    5.56  5.56  5.56  5.56
 4 ID4    6.21  6.21  6.21  6.21
 5 ID5    2.75  2.75  2.75  2.75
 6 ID6    4.67  4.67  4.67  4.67
 7 ID7    5.14  5.14  5.14  5.14
 8 ID8    5.45  5.45  5.45  5.45
 9 ID9    8.47  8.47  8.47  8.47
10 ID10   6.70  6.70  6.70  6.70
# i 190 more rows

R语言如何绘制蜂群图

# 代码来源：https://www.r2omics.cn/
# install.packages('ggbeeswarm')
library(tidyverse)
library(ggbeeswarm) # 提供geom_beeswarm函数，用于绘制蜂群图

# 读数据
# 这里读取了网络上的demo数据，将此处换成你自己电脑里的文件
df = read.delim("https://www.r2omics.cn/res/demodata/beeswarm.txt")

# 把数据转换成ggplot需要的数据类型（长数据）
dfPlot = df %>%
  pivot_longer(-1,names_to = "group",values_to = "value")
  
# 绘图
ggplot(dfPlot,aes(x=group,y=value,color=group))+
  geom_beeswarm(method = "swarm")+
  theme_bw()